Juan Carlos de Agustín Asensio es cirujano pediátrico y su área de especialización son las malformaciones congénitas infantiles. Además, es experto en toracoscopia y laparoscopia.

Ejerce como jefe del Servicio de Cirugía Pediátrica del Hospital General Universitario Gregorio Marañón, en su hospital infantil. También es profesor asociado de Pediatría en la Universidad Complutense de Madrid, presidente de la Sociedad Española de Cirugía Laparoscópica y Robótica (SECLA) y miembro de la Junta Directiva de la Asociación Europea de Cirujanos Pediátricos (EUPSA).

En 2024 recibió el Premio de Liderazgo Reputacional Sanitario en la categoría de Cirugía Pediátrica.

Anteriormente, fue jefe del Servicio de Cirugía Pediátrica de los hospitales universitarios Virgen del Rocío de Sevilla, entre 2004 y 2013. Asimismo, ha desempeñado diversos cargos científicos: presidente saliente de la Sociedad Europea de Cirugía Endoscópica Pediátrica (ESPES), presidente de las sociedades española y andaluza de Cirugía Pediátrica, miembro del Consejo Directivo de la UEMS —Unión Europea de Médicos Especialistas— y de la WOFAPS —Federación Mundial de Cirugía Pediátrica—, así como asesor del Ilustre Colegio Oficial de Médicos de Madrid.

Ha publicado más de 200 artículos y capítulos profesionales y ha impartido más de 90 conferencias.